Федеральное государственное бюджетное учреждение «Центр государственного санитарно-эпидемиологического надзора в Крыму» Управления делами Президента Российской Федерации входит в единую централизованную систему органов учреждений государственного санитарно-эпидемиологического надзора Российской Федерации, основной целью деятельности которого является обеспечение государственного санитарно-эпидемиологического надзора на объектах Управления делами, расположенных на территории Республики Крым.

История образования и развития санитарно-эпидемиологической службы в Крыму, обеспечивающей санитарно-эпидемиологическое благополучие правительственных оздоровительных учреждений, начиналась в 70-е годы прошлого столетия, в советский период, в составе 4-го Главного управления Минздрава СССР, и продолжалась в последующие два десятилетия после распада Советского Союза в составе санитарно-эпидемиологической службы Украины.

Немногочисленный коллектив учреждения успешно осуществлял организационную, профилактическую и противоэпидемическую деятельность в структурных подразделениях государственных дач, правительственных санаториев и домов отдыха, детских оздоровительных пансионатов, Международного детского лагеря «Артек».

В 2014-м году ФГБУ «Центр госсанэпиднадзора в Крыму» зарегистрировано как юридическое лицо, учредителем которого от имени Российской Федерации является Управление делами Президента Российской Федерации.

С 2014 года по настоящее время осуществлено успешное прохождение учреждением, в соответствии с законодательством Российской Федерации, процедур правового оформления имущества, оформления лицензии на осуществление медицинской деятельности, прохождения аккредитации и подтверждения компетентности лабораторной базы в национальной системе аккредитации.